醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點(diǎn)學(xué)科和教學(xué)團(tuán)隊(duì)，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護(hù)理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動(dòng)站，每年為社會(huì)輸送大量兒科人才。

北京兒童醫(yī)院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標(biāo)兵”“首都文明服務(wù)示范窗口”“?？漆t(yī)院”“雙十佳人民滿意醫(yī)院”“北京三甲醫(yī)院”榮譽(yù)稱號(hào)及“首都勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”“全國五一勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個(gè)病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個(gè)病區(qū)共20間百級(jí)移植倉，6間千級(jí)移植倉，2個(gè)干細(xì)胞采集室，1個(gè)干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長駐北京和保定同時(shí)開展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

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