醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點(diǎn)學(xué)科和教學(xué)團(tuán)隊(duì)，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護(hù)理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動(dòng)站，每年為社會(huì)輸送大量兒科人才。

多年來，為方便患者就醫(yī)，醫(yī)院始終堅(jiān)持24小時(shí)接診。醫(yī)院積極踐行公立醫(yī)院改革，推進(jìn)預(yù)約掛號(hào)工作，優(yōu)化服務(wù)流程，改善患者就醫(yī)體驗(yàn)，受到國家衛(wèi)生健康委的肯定和廣大群眾的認(rèn)可。醫(yī)院還承擔(dān)了上級(jí)部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災(zāi)支援、突發(fā)公共衛(wèi)生事件救治等醫(yī)療任務(wù)。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗(yàn)光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時(shí)為北京市殘聯(lián)指定殘疾評(píng)估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。

目前眼科設(shè)有斜弱視、神經(jīng)眼科、角膜病、眼整形、淚道病、青光眼、白內(nèi)障、眼底病、眼腫瘤等專業(yè)。北京兒童醫(yī)院及托管醫(yī)院眼科共有病床49張，年均手術(shù)量5700余例，其中內(nèi)眼手術(shù)約1300例，每年接診來自全國各地的眼病患兒約27.8萬人次。在小兒斜弱視、近視、淚道疾病、眼整形、兒童角膜移植、眼腫瘤、眼底病篩查及、視神經(jīng)疾病、遺傳性眼病、青光眼白內(nèi)障診治、微創(chuàng)玻璃體切割手術(shù)及角膜塑形鏡、兒童RGP鏡片及特種眼鏡驗(yàn)配等方面積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。