醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點學(xué)科和教學(xué)團隊，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

北京市級平臺：

北京市兒童外科矯形器具工程技術(shù)研究中心

兒童重大疾病北京市國際科技合作基地

◆ 北京市重點學(xué)科：

急救專業(yè)、普外專業(yè)、小兒白血病專業(yè)、中醫(yī)小兒脾胃病專業(yè)

◆ 北京市重點實驗室：

兒童耳鼻咽喉頭頸外科

兒童血液病與腫瘤分子分型

兒童呼吸道感染性疾病研究

兒童慢性腎臟病與血液凈化

出生缺陷遺傳學(xué)研究

腫瘤內(nèi)科科室包括兒童實體腫瘤、兒童淋巴瘤兩個專業(yè)，住院部設(shè)置在北京兒童醫(yī)院順義院區(qū)，擁有兩個病區(qū)，分別收治兒童實體瘤、淋巴瘤病人。腫瘤內(nèi)科在北京兒童醫(yī)院西城院區(qū)、順義院區(qū)，均設(shè)置有專業(yè)門診，均由專業(yè)醫(yī)生團隊出診，患者可根據(jù)需求選擇不同院區(qū)就診。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。