北京兒童醫(yī)院共有在職職工3210人，其中醫(yī)生968人，護士1325人，醫(yī)技462人。正高級職稱292人，副高級職稱380人，中級職稱692人。醫(yī)院擁有中國現(xiàn)代兒科學(xué)奠基人諸福棠、中國兒童血液腫瘤學(xué)開創(chuàng)者胡亞美、中國小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國內(nèi)兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀(jì)百千萬人才工程人選、國家杰出青年科學(xué)基金獲得者等眾多高層次人才。

多年來，為方便患者就醫(yī)，醫(yī)院始終堅持24小時接診。醫(yī)院積極踐行公立醫(yī)院改革，推進預(yù)約掛號工作，優(yōu)化服務(wù)流程，改善患者就醫(yī)體驗，受到國家衛(wèi)生健康委的肯定和廣大群眾的認(rèn)可。醫(yī)院還承擔(dān)了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災(zāi)支援、突發(fā)公共衛(wèi)生事件救治等醫(yī)療任務(wù)。

北京兒童醫(yī)院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標(biāo)兵”“首都文明服務(wù)示范窗口”“專科醫(yī)院”“雙十佳人民滿意醫(yī)院”“北京三甲醫(yī)院”榮譽稱號及“首都勞動獎狀”“全國五一勞動獎狀”。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細(xì)胞采集室，1個干細(xì)胞實驗室，每年進行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。