醫(yī)院以病人為中心，全心全意為兒童服務(wù)，大力弘揚(yáng)“公慈勤和”院訓(xùn)精神，涌現(xiàn)出全國(guó)道德模范、全國(guó)共產(chǎn)黨員賈立群同志等杰出代表。醫(yī)院堅(jiān)持公益，始終“關(guān)注兒童、關(guān)注健康”，成立“北京兒童健康基金會(huì)”，扶助困難家庭患兒就醫(yī);組織醫(yī)療骨干參加援疆援藏任務(wù)、“人才京郊行”、大型義診活動(dòng)，為偏遠(yuǎn)地區(qū)和基層單位的兒童送醫(yī)、送藥、送健康;開(kāi)展免費(fèi)救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動(dòng)，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營(yíng)，讓患兒感受到社會(huì)的溫暖。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國(guó)內(nèi)早系統(tǒng)開(kāi)展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國(guó)北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個(gè)病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個(gè)病區(qū)共20間百級(jí)移植倉(cāng)，6間千級(jí)移植倉(cāng)，2個(gè)干細(xì)胞采集室，1個(gè)干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國(guó)北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長(zhǎng)駐北京和保定同時(shí)開(kāi)展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

目前眼科設(shè)有斜弱視、神經(jīng)眼科、角膜病、眼整形、淚道病、青光眼、白內(nèi)障、眼底病、眼腫瘤等專業(yè)。北京兒童醫(yī)院及托管醫(yī)院眼科共有病床49張，年均手術(shù)量5700余例，其中內(nèi)眼手術(shù)約1300例，每年接診來(lái)自全國(guó)各地的眼病患兒約27.8萬(wàn)人次。在小兒斜弱視、近視、淚道疾病、眼整形、兒童角膜移植、眼腫瘤、眼底病篩查及、視神經(jīng)疾病、遺傳性眼病、青光眼白內(nèi)障診治、微創(chuàng)玻璃體切割手術(shù)及角膜塑形鏡、兒童RGP鏡片及特種眼鏡驗(yàn)配等方面積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。

開(kāi)展的特色診療項(xiàng)目包括特發(fā)性眼球震顫等復(fù)雜斜視的手術(shù)及發(fā)病機(jī)制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術(shù)，兒童眼球震顫及白內(nèi)障術(shù)后個(gè)性化視覺(jué)功能重建，早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術(shù)、微創(chuàng)淚道重建術(shù)、鼻內(nèi)窺鏡鼻腔淚囊吻合術(shù)等復(fù)雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進(jìn)行額肌懸吊術(shù)兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創(chuàng)手術(shù)，視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤的個(gè)性化綜合， 360°微導(dǎo)管引導(dǎo)下小梁切開(kāi)術(shù)先天性青光眼等。