醫(yī)院以病人為中心，全心全意為兒童服務(wù)，大力弘揚(yáng)“公慈勤和”院訓(xùn)精神，涌現(xiàn)出全國道德模范、全國共產(chǎn)黨員賈立群同志等杰出代表。醫(yī)院堅(jiān)持公益，始終“關(guān)注兒童、關(guān)注健康”，成立“北京兒童健康基金會”，扶助困難家庭患兒就醫(yī);組織醫(yī)療骨干參加援疆援藏任務(wù)、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠(yuǎn)地區(qū)和基層單位的兒童送醫(yī)、送藥、送健康;開展免費(fèi)救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的溫暖。

重點(diǎn)學(xué)科：

兒科學(xué)

● 國家臨床重點(diǎn)?？疲?

兒童重癥、小兒呼吸、中西醫(yī)結(jié)合兒科、小兒外科、臨床護(hù)理、兒童血液病、兒童腫瘤、耳鼻咽喉頭頸外科

● 平臺：

國家兒童醫(yī)學(xué)中心

國家兒童腫瘤監(jiān)測中心

國家兒童呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心

教育部兒科重大疾病研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

科技部兒童重大疾病國際科技合作基地

科技部兒童健康發(fā)展國際聯(lián)合研究中心

科技部創(chuàng)新人才培養(yǎng)示范基地

國家疑難病癥診治能力提升工程項(xiàng)目儲備庫

國家食品藥品監(jiān)督管理總局臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)

兒童白血病的國際化新藥臨床評價研究技術(shù)平臺

兒童示范性新藥臨床評價技術(shù)平臺

國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點(diǎn)單位

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細(xì)胞采集室，1個干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長駐北京和保定同時開展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗(yàn)光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。