醫(yī)院技術(shù)力量雄厚。擁有重點(diǎn)學(xué)科兒科學(xué)，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點(diǎn)單位等12個(gè)平臺(tái)，8個(gè)國家臨床重點(diǎn)專科，5個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2個(gè)北京市級(jí)研究平臺(tái)以及16個(gè)市級(jí)醫(yī)療中心。醫(yī)院設(shè)有疑難罕見病例會(huì)診中心和遠(yuǎn)程會(huì)診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內(nèi)地位，是中華醫(yī)學(xué)會(huì)兒科學(xué)分會(huì)、兒外科分會(huì)，中國醫(yī)師協(xié)會(huì)小兒外科醫(yī)師分會(huì)，中華護(hù)理學(xué)會(huì)兒科專業(yè)委員會(huì)主任委員單位。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個(gè)病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個(gè)病區(qū)共20間百級(jí)移植倉，6間千級(jí)移植倉，2個(gè)干細(xì)胞采集室，1個(gè)干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長駐北京和保定同時(shí)開展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

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北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗(yàn)光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時(shí)為北京市殘聯(lián)指定殘疾評(píng)估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。