醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點學(xué)科和教學(xué)團隊，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

耳鼻咽喉頭頸外科學(xué)科帶頭人倪鑫，國家兒童醫(yī)學(xué)中心主任，首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京兒童醫(yī)院院長，主任醫(yī)師，教授，博士生導(dǎo)師。

耳鼻咽喉頭頸外科教授團隊:倪鑫、鄭軍、葛文彤、張杰、劉海紅、許志飛、郭永麗、王生才等。

首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京兒童醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科于1975年建科，2023年4月獲批國家重點臨床?？疲闪⒅两褚呀?jīng)有近50年歷史?？剖颐嫦蛉珖鴥和颊?，以診治耳鼻咽喉及頭頸部常見病和疑難危重疾病為主，是中華醫(yī)學(xué)會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學(xué)組組長單位和中國醫(yī)師協(xié)會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學(xué)組組長單位?，F(xiàn)下設(shè)四個臨床專業(yè)和三大臨床診療中心，即耳科專業(yè)、鼻科專業(yè)、咽喉專業(yè)和頭頸專業(yè)以及兒童睡眠中心、兒童聽力診療中心和人工耳蝸中心。依托國家兒童醫(yī)學(xué)中心發(fā)展平臺，聯(lián)合首都醫(yī)科大學(xué)兒童上氣道阻塞性疾病臨床診療與研究中心、兒童耳鼻咽喉頭頸外科疾病北京市重點實驗室兩大科研支撐平臺，進行臨床-科研-教學(xué)三位一體的學(xué)科建設(shè)，目前已基本建成國內(nèi)、國際先進的兒童耳鼻咽喉頭頸疾病綜合性基礎(chǔ)和臨床研究平臺。

科室現(xiàn)擁有醫(yī)療床位34張，睡眠中心床位12張，年門診量約20萬人次，年手術(shù)量3500余例?？剖夜灿嗅t(yī)師46人、研究員2人、副研究員1人及技術(shù)人員18人。醫(yī)師中主任醫(yī)師18人，副主任醫(yī)師12人，主治醫(yī)師9人，住院醫(yī)師7人?？剖椰F(xiàn)有教授5人，副教授2人，講師9人;博士研究生導(dǎo)師6人，碩士研究生導(dǎo)師1人。

科室擁有多種國內(nèi)外的耳鼻咽喉頭頸外科醫(yī)療設(shè)備，如達芬奇機器人操作系統(tǒng)，美敦力顱神經(jīng)電生理監(jiān)測系統(tǒng)，美敦力ENT電磁導(dǎo)航系統(tǒng)，超聲刀系統(tǒng)，蔡司顯微鏡，STORZ超高清鼻內(nèi)鏡系統(tǒng)等，可充分滿足對兒童耳鼻咽喉頭頸外科所有病種的臨床診療需求。

開展的特色診療項目包括特發(fā)性眼球震顫等復(fù)雜斜視的手術(shù)及發(fā)病機制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術(shù)，兒童眼球震顫及白內(nèi)障術(shù)后個性化視覺功能重建，早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術(shù)、微創(chuàng)淚道重建術(shù)、鼻內(nèi)窺鏡鼻腔淚囊吻合術(shù)等復(fù)雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進行額肌懸吊術(shù)兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創(chuàng)手術(shù)，視網(wǎng)膜母細胞瘤的個性化綜合， 360°微導(dǎo)管引導(dǎo)下小梁切開術(shù)先天性青光眼等。