1996年，茅臺酒工藝被確定為國家機密加以保護(hù)。2001年，茅臺酒傳統(tǒng)工藝列入首批物質(zhì)文化遺產(chǎn)。2006年，批準(zhǔn)將“茅臺酒傳統(tǒng)釀造工藝”列入首批非物質(zhì)文化遺產(chǎn)名錄，并申報世界非物質(zhì)文化遺產(chǎn)。2001年3月29日，茅臺酒被批準(zhǔn)為“原產(chǎn)地域保護(hù)產(chǎn)品”。2013年3月28日，原國家質(zhì)檢總局批準(zhǔn)調(diào)整“茅臺酒”地理標(biāo)志產(chǎn)品保護(hù)名稱和保護(hù)范圍。

茅臺酒的酒窖建設(shè)也頗有講究。從窖址選地、窖區(qū)走向、空間高度，到窖內(nèi)溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術(shù)等，都極為嚴(yán)格。這些都是關(guān)系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關(guān)鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關(guān)透氣孔，控制溫濕度。

在此期間，要經(jīng)歷重陽下沙、端午踩曲、長期貯存等工藝環(huán)節(jié)的淬煉，制酒生產(chǎn)一年一個生產(chǎn)周期，順應(yīng)季節(jié)變換，歷經(jīng)兩次投料、九次蒸煮、八次發(fā)酵、七次取酒；釀制而成的基酒還需在陶壇中經(jīng)過三年以上的貯存，后，采用酒勾酒的方式將一百余種不同酒齡、不同香型、不同輪次、不同酒度等各有特色的基酒進(jìn)行組合，形成了茅臺酒的典型風(fēng)格。

1997年，茅臺推出款紀(jì)念酒——「香港回歸1997」，至今正好25周年。紀(jì)念酒的開發(fā)為今天茅臺的火熱埋下了伏筆，開啟了茅臺收藏新時代。

2014年，白酒行業(yè)進(jìn)入低谷。為了填補營收，茅臺成立定制營銷公司，開展個人、團(tuán)體、企業(yè)等個性化定制業(yè)務(wù)。茅臺生產(chǎn)過上千款產(chǎn)品，定制酒占據(jù)了大半壁江山。不過多數(shù)定制酒產(chǎn)量少、知名度不高，基本不流通；只有少數(shù)設(shè)計精美的定制紀(jì)念酒流入市場，深受藏家歡迎。

2019年，茅臺酒市場價一路高漲，飛天一瓶難求。為保證飛天的供應(yīng)量，官方取消了定制酒業(yè)務(wù)，砍掉了大部分非常規(guī)產(chǎn)品，紀(jì)念酒的開發(fā)也越來越謹(jǐn)慎。