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北京大學腫瘤醫(yī)院設有36個臨床科室，14個醫(yī)技科室，10個基礎研究科室,4個基礎平臺科室,開放床位801張。全年門診量75萬人次，年收治病人9.6萬人次，手術1.7萬例。醫(yī)院職工近2600人，在編職工中正高級職稱152人，副高級職稱253人。

北京大學腫瘤醫(yī)院有國家重點學科1個(腫瘤學)、國家臨床重點?？?個(腫瘤科、病理科)、北京市重點學科4個(胃癌防治中心、乳腺癌防治中心、影像介入中心、超聲診斷中心)、北京市中醫(yī)管理局重點學科1個(中西醫(yī)結(jié)合科暨老年腫瘤科)，全國名老中醫(yī)藥專家傳承工作室1個，北京學者工作室2個，是消化系腫瘤整合防治全國重點實驗室，是惡性腫瘤發(fā)病機制及轉(zhuǎn)化研究教育部重點實驗室、惡性腫瘤轉(zhuǎn)化研究北京市重點實驗室、國家藥監(jiān)局重點實驗室所在單位、抗腫瘤新藥及新技術研發(fā)北京市工程研究中心、北京市國際科技合作基地、北京市首批示范性研究型病房、科技部抗腫瘤新藥療效與性評價信息化平臺的建設單位。被國家衛(wèi)健委授予首批腫瘤多學科診療試點醫(yī)院、國家首批腫瘤高通量基因測序臨床試點單位;是承擔北京地區(qū)癌癥發(fā)病登記與生存統(tǒng)計，并向政府及WHO提供數(shù)據(jù)的中心。是北京協(xié)會、北京癌癥康復會的掛靠和依托單位。

研究所建所以來，在腫瘤學基礎理論研究、常見主要腫瘤的臨床診斷與、胃癌、食管癌高發(fā)區(qū)現(xiàn)場的預防干預研究等領域均有創(chuàng)新與的成績，在國內(nèi)外頗具影響。