高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

高新技術企業(yè)是指在《國家重點支持的高新技術領域》內，持續(xù)進行研究開發(fā)與技術成果轉化，形成企業(yè)核心自主知識產權，并以此為基礎開展經營活動，在中國境內(不包括港、澳、臺地區(qū))注冊一年以上的居民企業(yè)。它是知識密集、技術密集的經濟實體。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術產品(服務)，在專項審計中都涉及高新技術的識別。注冊會計師不是高新技術領域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術產品(服務)的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術負責人與企業(yè)法定代表人、財務負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領域調配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術問題利用專家的工作。

高新審計依據(jù)高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，企業(yè)申請高新認定，需要對近三年的財務狀況、研發(fā)費用支出情況及高新技術產品(服務)收入情況進行審計，出具審計專項報告和年度審計報告。

會計師會結合企業(yè)情況，給出一份準備材料的清單。主要是企業(yè)的資產負債表、損益表、總賬、明細賬、科目余額表(到末級科目)、財務憑證、公司的執(zhí)照、章程等等。