高新技術(shù)企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認定辦法相關(guān)規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會等相關(guān)。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術(shù)負責人與企業(yè)法定代表人、財務(wù)負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術(shù)問題利用專家的工作。

要求識別和評估申報明細表層次以及各類交易、列報認定層次的重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項目的相關(guān)計劃與實施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細表整體上就可能存在重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細表所依據(jù)的會計記錄或相關(guān)文件。

1.申請企業(yè)自主選擇第三方審計機構(gòu)委托業(yè)務(wù)(基于對審計機構(gòu)業(yè)務(wù)資質(zhì)、服務(wù)團隊、客戶口碑的充分了解)；

2.審計代理公司與申請公司進行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計目的和范圍，再由審計公司對申請企業(yè)的審計風險進行專業(yè)評估；

3.評估通過后，雙方簽訂正式的審計服務(wù)協(xié)議，明確審計費用、雙方的權(quán)利和責任，并進行初步數(shù)據(jù)交接；

4.審計代理公司應當成立專門的項目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術(shù)企業(yè)專項審計所需材料清單；

5.申請人應根據(jù)資料清單準備相關(guān)審核材料；

6.審計代理公司審計工作組根據(jù)企業(yè)數(shù)據(jù)制定高新技術(shù)企業(yè)具體審計工作方案，為審計工作的實施打下良好基礎(chǔ)；

7.與被審計企業(yè)確定現(xiàn)場審計時間并出具審計通知書；

8.審核員進入現(xiàn)場，審核企業(yè)提供的審核資料，對期間發(fā)現(xiàn)的審核問題進行詳細記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計工作底稿，并在此基礎(chǔ)上形成初步意見；

10.與被審計企業(yè)交換審計意見；

11.在雙方一致同意的基礎(chǔ)上，為高新技術(shù)企業(yè)出具專項審計報告。