蛋白帶模糊不清和分辨不佳是由于多種原因引起的。雖然梯度凝膠可以提高分辨率，但與其他方法相比，常規(guī)聚丙烯酰胺凝膠電泳是分辨率較低的方法。為了提高分辨率，不要加過多的樣品，小體積樣品可給出窄帶。加樣后應立即電泳，以防止擴散。

聚丙烯酰胺凝膠電泳可用于蛋白質(zhì)定量。電泳后的凝膠經(jīng)凝膠掃描儀掃描，從而給出定量的結(jié)果.凝膠掃描儀主要用于對樣品單向電泳后的區(qū)帶和雙向電泳后的斑點進行掃描。 瓊脂或瓊脂糖凝膠免疫電泳可用于①檢查蛋白質(zhì)制劑的純度；②分析蛋白質(zhì)混合物的組分；③研究抗血清制劑中是否具有抗某種已知抗原的抗體；④檢驗兩種抗原是否相同.

制膠時在凝膠溶液中放一個塑料梳子，在膠聚合后移去，形成上樣品的凹槽。水平式電泳，凝膠鋪在水平的玻璃或塑料板上，用一薄層濕濾紙連接凝膠和電泳緩沖液，或?qū)⒛z直接浸入緩沖液中。由于pH值的改變會引起帶電分子電荷的改變，進而影響其電泳遷移的速度，所以電泳過程應在適當?shù)木彌_液中進行的，緩沖液可以保持待分離物的帶電性質(zhì)的穩(wěn)定。

電泳槽中間是夾在一起的兩塊玻璃板，玻璃板兩邊由塑料條隔開，在玻璃平板中間制備電泳凝膠，凝膠的大小通常是12cm ′ 14 cm，厚度為1mm～2 mm，近年來新研制的電泳槽，膠面更小、更薄，以節(jié)省試劑和縮短電泳時間。